世界征服を目論む秘密組織エーテライゼンを壊滅させ、
日常を取り戻した天乃木晶と楓の姉妹。

しかしある日の放課後、突如その平穏は破られてしまう。
胸に埋め込まれたセイクリッドジュエルが「敵」の存在を告げるのだ。
まさかと思いながらも急遽その場へと向かってみる二人。

するとやはりいた――！
組織の戦闘員であるクローン兵たちが街中で暴れている。
しかも、やめさせようにも楓の言うことなど意にも介さない。
女王たる楓[ミューゼリオン]の言葉には強制力があるというのに。

なぜまた敵が現れたのか
なぜ楓の能力が効かないのか
戸惑いながらも晶は拳を固め、再び戦いに身を投じる。
今度は楓と共に――